帳簿書類等の保存期間及び保存方法

(1) 原則的な保存方法

 帳簿書類の保存方法は、紙による保存が原則となります。したがって、電子計算機で作成した帳簿書類についても、原則として電子計算機からアウトプットした紙により保存する必要があります。

(2) 6年目以降のマイクロフィルムによる保存方法

 帳簿書類の保存は、紙による保存が原則ですが、保存期間の6年目以降（一定の書類については4年目以降）の帳簿書類は、一定の要件を満たすマイクロフィルムにより保存することができます。
 なお、マイクロフィルムによる保存を行う場合には、一定の基準を満たすマイクロフィルムリーダ又はマイクロフィルムリーダプリンタを設置する必要があります。

(3) 電磁的記録による保存方法

 自己が電磁的記録により最初の記録段階から一貫して電子計算機を使用して作成する帳簿書類で一定の要件を満たすものは、紙による保存によらず、サーバ・DVD・CD等に記録した電磁的記録（電子データ）のままで保存することができます。

なお、電磁的記録による保存を行う場合には、あらかじめ所轄税務署長に対して申請書を提出し、承認を受けることが必要です。また、この申請書は、備付けを開始する日の3か月前の日までに提出する必要があります。

(4) 一定の書類のスキャナ読取りの電磁的記録の保存方法

 保存すべき書類のうち、棚卸表、貸借対照表及び損益計算書並びに計算、整理又は決算に関して作成されたその他の書類以外の一定の書類については、紙による保存によらず、スキャナ読取りの電磁的記録による保存（以下スキャナ保存といいます。）を行うことができます。なお、スキャナ保存を行う場合には、あらかじめ所轄税務署長に対して申請書を提出し、承認を受けることが必要です。また、この申請書は、スキャナ保存を行おうとする日の3月前の日までに提出する必要があります。
(注)　帳簿については、スキャナ保存を行うことはできません。

(5) 電子計算機出力マイクロフィルム(COM)による保存方法

 自己が最初の記録段階から一貫して電子計算機を使用して作成する帳簿書類については、一定の要件の下で、紙による保存によらず、その電磁的記録の電子計算機出力マイクロフィルム(COM)により保存することができます。
　なお、電子計算機出力マイクロフィルム(COM)による保存を行う場合には、あらかじめ所轄税務署長に対して申請書を提出して承認を受けることが必要です。また、この申請書は、電子計算機出力マイクロフィルム(COM)による保存を行おうとする日の3か月前の日までに提出する必要があります。

　今のご時世(2)や(5)でいうマイクロフィルムで保存する方はほとんどいないと思います。紙による保存ではなく電子データで保存しようとした場合はまず税務署へ開始日（多くは事業年度の期首）から3か月前までに申告書を提出しなければなりません。
　また、領収書などをスキャナーで電子保存しようとした場合は、一定要件を満たす必要がありますが、特に電子のタイムスタンプを押す必要があります。この費用が意外に高い（年間10万円程度）ため、なかなか浸透できていないと思われます。
　電子データの保存方法を選択しようとする場合、準備が必要なため注意が必要です。

（参考）国税局　帳簿書類等の保存期間及び保存方法
　https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5930.htm
　https://www.nta.go.jp/publication/pamph/sonota/03.pdf